有的，而且非常便利！ 南站在二层和三层之间有两个地铁站，即“北京南站”和“李营”站（此站位于二层的东北角）。 地铁4号线在西单商场附近有一站叫做“灵境胡同”，从“灵境胡同”到“李营”站的票价是2元。
在“灵境胡同”站内换乘地铁14号线（西段）到“北京南站”的票价同样是2元。 如果乘坐公交交通工具的话，推荐在北京南站南广场乘特5路、63路、106路公交车，这三趟公交车均到达“虎坊桥路口东”站，然后同站换乘公交821路可到达“天坛医院”或“天桥汽车站”； 或者在北广场乘9号线到“军事博物馆”站下车，再转乘公交78路可到“天桥汽车站”。 需要提醒的是，如果从火车站出来想坐公交的话，千万不要跑到北广场去坐，因为北广场的公交车站距离火车站的正大门其实还有很长的一段距离。
惠栅婷优质答主北京南站在开通之初（2008年8月1日）没有地铁，有两条在建地铁线路，其中，地铁4号线（北京南站-天宫院）于2009年9月28日开通北京南站至马家楼站，2010年5月5日开通马家楼至公益西桥站（当时名为马家堡西站），2010年7月30日全线路贯通运营。目前，北京南站位于地铁4号线北京南站至马家楼站区间之上。
2010年9月5日，北京南站在开通地铁4号线两年之后开通另一条地铁线路，即由北京南站至天通苑北的地铁亦庄线（后更名为地铁14号线）。两条地铁线路通过北京南站南、北两个广场相通。
4号线和14号线两条线路在北京南站交会，其中14号线呈东西方向，而4号线呈南北方向。北京南站的两座地铁站主体结构是分离的，换乘通道需通过北京南站公共大厅，由于南站大厅人流密集，高峰时存在一定的安全隐患，加之地铁4号线是京港澳直通北京的交通大动脉，车流量极大，且14号线目前只贯通运营东段和西段两端，没有贯通运营，需在北京南站换乘。因此北京南站地铁换乘一直是困扰乘客的问题。
